在近视眼激光手术开始之前，会在眼部滴入表面麻醉眼药水，而不是人们认为的往眼部注射麻醉剂。这种麻醉眼药水可以维持麻醉作用30-40分钟。手术中患者感觉到医师在轻微擦碰眼球，但是不会有疼痛感。双眼实施准分子激光手术的时间需要10-15分钟，所以不等麻醉药的效果过去，手术就结束了。
LASIK手术后半小时，眼部会有较明显的异物感、畏光、流泪等刺激症状，一般术后3-5小时会逐渐消失，时间长短因人而异。这段时间需要做的就是闭目休息，#好睡上3-5小时，醒来时眼睛没有感觉了，视力也恢复了。个别人术后没有任何眼部刺激症状。
PRK手术要将角膜上皮完全刮除，手术时虽然不疼，但是术后因为角膜上皮大量缺失，眼部会比较疼痛。异物感、畏光、流泪等刺激症状较LASIK手术更加明显。角膜上皮完全愈合需要5天左右，故5天内异物感、畏光、流泪症状会一直存在，影响了学习、工作和正常生活。正因为如此，PRK手术逐步被LASIK完全取代。
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